软式内镜作为一种侵入性的医疗器械，在使用后的清洗、消毒/灭菌方面有着较高的要求和严格的规范。若消毒/灭菌效果不够理想，对内镜诊疗的安全性将造成较大威胁。
有研究显示，清洗等流程操作不规范、清洗/消毒产品不合格等等都是影响软式内镜的消毒灭菌质量的重要因素。从内镜从患者体内取出后的各个环节加强对软式内镜的规范处理，是保证内镜的消毒/灭菌效果的关键。
规范操作流程，从预处理与清洗开始
在消毒/灭菌前，对内镜的预处理和清洗工作的不到位是导致消毒/灭菌失败的常见原因之一。
内镜诊疗的时候，送水送气口里面容易残留小块人体组织或者血液、黏液，一旦干结并积累则容易造成送水送气管道的堵塞。因此，对内镜的预处理与清洗应尽可能地及时且充分。
WS507-2016《软式内镜清洗消毒技术规范》建议在内镜从患者体内取出后应立即使用有清洁液的湿巾或湿纱布清洁表面，并反复送气送水至少10s，再将内镜先端置入装有清洗液的容器中，抽吸清洗液至流入吸引管；在清洗时，注意应刷洗所有管道直至没有污染物，再浸泡至清洗液中。
在清洗过程中，清洗操作的不到位、或者清洗液的效果不理想都可能导致有机物残留。软式内镜的管道结构复杂且难以彻底干燥，残留的有机物将促使生物膜在管道内生成。
生物膜是一种紧密黏附于医疗器械表面且难以去除的细菌团块与细胞外基质的复合体。包裹着细菌的生物膜为细菌提供了保护，使得其很难被清除。一旦生物膜在软式内镜的管道中生成，不仅其中的细菌将成为长期隐患，还将导致在后续环节中消毒液无法穿透， 从而降低消毒/灭菌效果。
使用对生物膜有效的清洗剂，可加强对生物膜形成的预防作用。
消毒/灭菌剂的选择
不同的消毒/灭菌剂有着各自的特点。
根据《软式内镜清洗消毒技术规范》，软式内镜的消毒可选用邻苯二甲醛、戊二醛、过氧乙酸、二氧化氯、酸性氧化电位水、复方含氯消毒剂或其他消毒剂，灭菌可选用戊二醛、过氧乙酸或其他消毒剂。
戊二醛
戊二醛的杀菌力强，抗菌谱广，2％浓度的戊二醛对细菌、真菌及多数病毒都有杀灭作用，但达到高水平消毒或灭菌的时间较长。
另一方面，戊二醛对皮肤、眼睛和呼吸系统有着较强的致敏性和刺激性，长期使用戊二醛可能对医务人员造成损伤。
邻苯二甲醛
相比于戊二醛，邻苯二甲醛的作用速度更快，对分枝杆菌的杀灭效果更好、且毒性小、对人体皮肤的刺激性较低、对金属的腐蚀性较低，是一种性能较稳定的高效消毒剂，但不可用于灭菌。
另一方面，邻苯二甲醛可与蛋白质接触后在皮肤、洗槽和环境表面形成“灰染”，需额外清除。
过氧乙酸
过氧乙酸是一种高效消毒剂，消毒能力优越，抗菌谱广，消毒作用快，对细菌、细菌芽孢、真菌及病毒有迅速的杀灭作用，可在5min内达到高水平消毒，在10min内达到灭菌效果。
过氧乙酸的刺激性小于戊二醛，但普遍对金属有腐蚀性。选择相对低腐蚀的过氧乙酸消毒液，可在保障消毒/灭菌效果的同时，进一步保护内镜本身的完好无损。
