内窥镜的使用及保管环境要求十分严格，其最需要考虑的因素包括温度、相对湿度及气压。
使用和保管时的环境温度要求在10~40℃之间，温度过低时，内窥镜插入管会变硬，低于-10℃时会造成部分零件损坏。
内窥镜使用时对湿度的要求为30%~85%的相对湿度；而保管时要求干燥环境，内窥镜对气压的要求是70~106kPa。
检查室和消毒室之间有一定距离，在运送过程中一定要小心，轻拿轻放，内窥镜悬挂好后，插人部应当静止下垂，切勿左右摆动，防止跌落在地，避免镜子与硬物撞击。
最好配备内窥镜专用推车，镜子放置在专用镜槽中，放入运镜车的内窥镜，操作部、导光插头部不能压迫软管，尤其是先端部。
运镜车一层一内窥镜，禁止与其他内窥镜或尖锐器械混放一起，运输时下面垫一较厚的治疗巾，避免运输时颠簸损坏，保证其安全运送。
内窥镜储存前应先确定其的所有管道、镜表面及其附件完全干燥，由于残留水分会使空气中的细菌在内窥镜内外繁殖增生，造成内窥镜污染。
特别要强调的是手提箱内的环境不宜用作保存清洗和消毒后的内窥镜，干净的内窥镜应该垂直挂放在干燥。温度适中的专用存储柜里。
内窥镜发生故障需要送修时，在打包装箱时也一定要小心轻放，按照包装箱与镜子对应位置正确放置镜子，切勿压坏损伤镜子，避免在运输过程中造成内窥镜的二次伤害，减少不必要的维修项目。
