显微镜是一种精密的光学仪器，因此在正确使用的同时，做好显微镜的日常维护和保养，也是非常重要的一环。注重显微镜的良好维护和保养，可以延长显微镜的使用时间并确保显微镜能始终处于良好的工作状态中。
清洁工具
显微镜中目镜物镜的表面镜头最容易受到灰尘和污物及油的粘污，当发现衬度，清晰度降低，雾状发生时，则需要用放大镜仔细检查目镜，物镜前面镜头的状况。当显微镜光学部件有污垢时，切勿用手指、粗纸或手帕去擦，以防损坏镜面。可先用吹气球吹去灰尘或用柔软毛刷去污物，再用擦镜纸沾溶剂（乙醚：酒精混合液 3：1）擦净。
低倍物镜有相当大的前组镜片，可用擦镜棒粗的一端裹上擦镜纸沾溶剂清洁。高倍物镜为了达到高的平坦度，应用了一个有小曲率半径凹面的前组镜头，在擦拭这组镜头时用擦镜棒细的一端裹上擦镜纸沾湿溶剂清洁。擦拭镜头表面要轻。不要过度用力和有刮擦动作，并确信擦镜纸触到镜头的凹面。
当显微镜使用100X油镜使用完时，请及时将油镜表面擦拭清楚并检查40X物镜是否沾上油，如有请及时擦清。使显微镜始终保持成像清晰。
使用防尘罩是保证显微镜处于良好机械和物理状态的最重要的因素。显微镜的外壳如有污迹，可用乙醇或肥皂水来清洁（勿用其他有机溶剂来清洁），但切勿让这些清洗液渗入显微镜内部，造成显微镜内部电子部件的短路或烧毁。
保持显微镜使用场地的干燥，当显微镜长期工作在湿度较大的环境中，还是容易增加霉变的几率，因此如果显微镜不得不工作在这些湿度较大的环境中，建议使用去湿机。另外，如发现光学元件表面有雾状，霉斑等不良情况时，请立刻联系专业人士，对您的显微镜进行专业维护保养。
采取下列措施，或许能更好的延长您的显微镜使用时间并使之保持良好的工作状态。
（1）每次关闭显微镜电源前，请将显微镜灯光调至最暗。
（2）关闭显微镜电源后，请等灯箱完全冷却后（约15分钟后），再罩上显微镜防尘罩。
（3）开启显微镜电源后，若暂时不使用，可以将显微镜灯光调至最暗，而无需频繁开关显微镜电源。
显微镜工作一年后，应每年至少做一次的专业维护保养。
